La sicurezza di un sito joomla non va trascurata anche perchè basta poco per diventare prede di hacker senza scrupoli.
Semplici regole:

1) Aggiornare Joomla sempre all’ultima versione stabile da qui

2) Tenere aggiornate tutti i componenti aggiuntivi che usate (componenti moduli bot).
Molto Spesso i problemi di sicurezza si annidano in questi componenti per vari motivi (progetti abbandonati o scritti con poca attenzione per la sicurezza). 

3) Altro link contiene consigli su come configurare un intero server per joomla o il vostro sito Joomla, armatevi di buona volontà perchè ce tanto da leggere. (in inglese)  se avete difficoltà con l’inglese usate la traduzione di google